Karl Pauer ist langjähriger Leiter der ua für die Wiener Bauordnung zuständigen Rechtsabteilung (MA 64) des Magistrates der Stadt Wien und in dieser Funktion auch Vortragender zum Thema Baurecht. Seit 2010 leitet er den Geschäftsbereich Recht der Magistratsdirektion, in dem sowohl der Verfassungsdienst der Stadt Wien als auch die Abteilung für Zivil- und Strafrecht zusammengefasst sind.